小孩为何会混合感染？
因为90%以上的儿童罹患手足口病、咽峡炎的病原体是柯萨奇病毒A组16型（CoxAl6）或肠道病毒71型（EV71）等肠道病毒，而罹患疱疹性咽峡炎的病原体是柯萨奇病毒A组（CoxAl）。
柯萨奇病毒A组有22个型，常见有1、2、3、4、5、6、8、10、16型等，均可以引起疱疹性咽峡炎，而且手足口病病原体EV71也可同时或间断引起疱疹性咽峡炎，因此，不少患儿患了手足口病后间隔时间不长又患了疱疹性咽峡炎，给人以“反复”或“又患了”的错觉。
其次，上述肠道病毒（EV71和CoxAl 22个型）在人群中极为常见、遍及世界，在我国也是十分高发的病原体。如果患儿接触了被该群病毒污染的共同物品（玩具、食具等），亦可通过共同物品传染给未病患儿或者被前一例未愈、后一例未病的患儿交叉感染，而再次得病。（当然第2次得病的类型可能与第1次不同，如前一次患了手足口病，后一次可能患疱疹性咽峡炎）。
因此，从上述分析可知，手足口病病愈后又患疱疹性咽峡炎，其实是由于前一次未愈又交叉感染了另一种不同型的肠道病毒。